Bei der Herstellung von naturtrübem Apfelsaft wird der frisch gepresste Saft lediglich zentrifugiert, um ganz grobe Trübteilchen zu entfernen. Anschließend wird der Direktsaft nur noch kurzzeiterhitzt und sofort abgefüllt. Die meisten Inhaltsstoffe des ursprünglichen Fruchtsaftes bleiben erhalten. Nach dem Abfüllen bilden sie einen mehr oder weniger stark ausgeprägten Bodensatz.

Bio-Apfelsaft wird meistens (aber nicht zwangsläufig) als naturtrüber Direktsaft angeboten, Antioxidationsmittel und andere Zusätze sind in jedem Fall tabu. Der Saft dunkelt daher meist etwas nach.